为了加强中央集权，光武帝在政治制度上采取了“虽置三公，事归台阁”的统治措施。光武帝采取了西汉时加强尚书台权力的措施。东汉初年，中央的最高官职是三公，即司徒、司空和太尉。司徒是由丞相改称的，管民政，权力比丞相小得多；司空是由御史大夫改称的，不再管监察，而是管重大水土工程；太尉管军事。三公职位虽高，却徒有虚名，并无实权。
刘秀为了把权力集中到自己手中，设置了尚书台机构，并加强尚书的职权，扩大机构，增设官吏。尚书台设尚书令一人，尚书仆射一人，尚书六人，合称“八座”。他们直接听命于皇帝，分掌全国政事。尚书的官位不高，尚书令每年的俸禄只有一千石，副职尚书仆射和6名尚书，每年的俸禄也只有六百石，他们的地位和待遇远不能同每年俸禄为万石的三公相比，但实际权力远在三公之上。尚书台是最重要的行政决策机构。
光武帝除了通过尚书台独揽大权外，还在宫廷内设置中常侍、黄门侍郎、小黄门、中黄门等宦官职务，由他们负责传达皇帝的旨令和诏书，阅览尚书进呈的文书。光武帝认为这些宦官们地位更低，他们不可能取得倾国大权，就更保证了他的集权统治。
刘秀以柔术治国，宽民众，而对官吏极严。东汉初年，他恢复了西汉时曾设置过的三套监察机构，还进一步予以加强。这三套监察机构是：（1）御史台——有侍御史15人，负责察举官吏违法事件，接受公卿、郡史奏事和解释法律条文。（2）司隶校尉——有从事史12人，主管察举中央百官犯法者和各部各郡违法官吏。他们既是京官，又是地方官，监察权力很大，“无所不纠，唯三公不察”。（3）州刺史——全国分12州，每州设刺史一人，他们遵照皇帝命令，代表中央，乘坐驿车，巡行全国各地。他们每年8月出巡，调查各地有无冤狱，同时考察各郡县官吏政绩，并根据政绩好坏，决定升迁罢免。他们在年底或翌年初回到京城，向中央汇报。刘秀对巡察制度非常重视，也授予他们很大的权力。
朝中无论官员职位高低，一律严格按照法律办事。若有不遵守法律者，必会如实量刑定罪。曾任汝南太守的欧阳歙，世授《尚书》，八世都是博士，德高望重，刘秀十分器重他，但在他度田不实、贪赃枉法的罪行被查出来之后，他立即被捕入狱。当时朝廷有上千名儒生守候在大殿门口，请求宽赦他，甚至有人情愿替他牺牲，但刘秀坚决对其绳之以法，予以处死。
由于刘秀加强了监察制度，对违法官吏要求甚严，从而保证了皇帝的权力和意志能够得以实现，这对中央集权制的巩固，起到了非常重要的作用。
刘秀对于臣下的歌功颂德、阿谀奉承，常能持一种清醒的、有时甚至是厌恶的态度。他更愿意多表扬一些刚正不阿的官吏。在他的诏书中，经常说自己“德薄”，要上书者不要称他圣明。
各郡县经常报告一些所谓“嘉瑞”事物，群臣要求史官将这些“嘉瑞”记载撰写成书，以传后世，刘秀一律不许。有一次，刘秀外出打猎深夜方归，要从洛阳城的东北门进城，掌管这个门的官吏郅恽拒不开门。刘秀让人点起火把，并告诉说皇帝回来了，郅恽说：“火光闪烁，又远远的，看不清楚。”就是不开。刘秀没法，只好转到东城门进了城。第二天，郅恽上书批评了刘秀一顿，说他游猎山林，夜以继日，带领出一种不良风气，危害国家。刘秀不但没有治罪于他，反而赏了郅恽100匹布，把掌管东城门的官吏贬为登封县尉。
刘秀对官吏要求严格，以致以粗暴方式对待，对贪赃枉法的行为更是严厉惩罚。他在执政初期，内外群官，多由他自己选任；如干不完他交办的事，尚书一类的近臣常被拉到面前棍打鞭抽，以致“群臣莫敢正言”不敢说实话。
刘秀对贵戚的过分行为一般能够理智对待。司隶校尉鲍永、都事从官鲍恢性格刚直，不避豪强，敢于弹劾贵戚的恣纵行为。他们曾弹劾刘秀的叔父赵王刘良仗势呵斥京官为“大不敬”，刘秀借此告诫贵戚们应当约束自己，“以避二鲍”。
刘良临死时，刘秀去看他，问他还有什么要说的话。刘良说他没有别的话了，只有一件事，他的朋友李子春犯了罪，县令赵熹要判李子春死刑，他希望能保住李子春的命。刘秀说：“官吏公正执法，我不能徇情枉法。另说别的愿望吧。”
刘秀的明君风范，使刘氏汉家天下走向繁荣，实现了“光武中兴”。25年的皇帝生涯，励精图治，结束了长达百年的分裂局面。统一全国，经济繁荣，开创太康盛世。
七我自乐此不为疲也
“乐此不疲”这个成语出自《后汉书？光武帝纪》，原文为：“我自乐此，不为疲也！”经过长期军旅生活，刘秀对带兵打仗逐渐厌烦。百姓由于多年战乱，急需休养生息。因此平定陕西、四川之后，在没有特别紧急情况下，他很少谈论军队事情，每天从早到晚与大臣们讲经论理，很晚才休息。
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