在成功接收了周瑜的大军之后，刘琦便命徐庶统领扬州之地，率五万大军驻守合肥，麾下众文武有太史慈、侯成、宋宪、魏续、鲁肃、刘晔、繁钦、华歆、王粲、朱治、朱桓、程普、张纮、顾雍、张昭、秦松、陈端、魏腾、吾粲、卜静、孙高、傅婴等将。
之后又表奏陆逊为伏波将军，命陆逊率领三万大军，暂驻吴郡的秣陵，制造大船，探访夷洲和倭奴等地，寻机并其地，为大汉开疆拓土。
为此刘琦又专门决定为陆逊设立一个夷州刺史的名号，以州刺史的待遇对待陆逊，令其统帅在海外开拓的一切领土，在征服夷洲之前，陆逊还兼任吴郡太守之职。
本来陆逊只是遵命而行，并不知道在大汉之外还有多么广阔的领域，可是到了后来，随着领土的不断扩大，陆逊才知道自己究竟获得了怎样广阔的土地？而那时候，几乎是大汉所有的州刺史们都羡慕陆逊这个大汉最大的封疆大吏。
因为刘琦知道，陆逊的职责十分重大，所以这次专门配备了陈武、杜袭、董袭、蒋钦、韩当、凌操、贺齐等精通水战的将领，与此同时，刘琦郑重的叮嘱陆逊，海上风浪之大不比江上，要他们一定要善于观察星象，判断天气，懂得及时躲避风暴等事情，为了能够让陆逊掌握星象，刘琦又把父亲传给自己的《荆州星占》和黄月英制造的指南针传给了陆逊。
好在如今只是制造海船，尝试出海，积累经验的阶段，大军不会走太远，一切事情都可以慢慢来，刘琦又知道陆逊是一个稳重谨慎的人，倒也不必太过担心。
而至于统率陆逊的这一支大军，刘琦给起了一个专门的名字：“海军”，对于海军的粮草供应和军饷、军器、物资的供应，则由镇南将军府专门供应，海军统率陆逊也直接对刘琦自己负责。
与此同时，刘琦又任命黄祖统率其余的两万水军，庞统担任军师，驻守荆州的巫县、秭归一带，由兼任巫县长的甘宁作为副将，处理日常事务，实际上由于黄祖年迈根本不愿在巫县与江夏之间来回奔跑，这支水军由甘宁全权负责，黄祖只不过是挂个虚名而已。
而对这一点，黄祖也丝毫没有不满，毕竟他也知道自己年老，能力也不足，如果强行统率这支大军的话，只能会给这支军队带来拖累，更何况刘琦是他未来的女婿，如今他虽然只是江夏太守，却享受着荆、扬、交三州众将官的尊崇，而为了对他进行弥补，刘琦又把他的儿子黄射任命为襄阳县令，这可是镇南将军府所在地、荆州的郡治，整个荆、扬、交三州地区的核心，这样的职位虽然只是一个县令，可是权位丝毫不比一任太守差多少，甚至比刘琦正牌的大舅子蒯正，权势都要强上不少。
所以，黄祖在不久之后就直接辞去了水统帅之职，坚决要求把此职位让给甘宁。
刘琦见黄祖出于真心，便改拜黄祖为建德将军，任命甘宁为横江将军、加封水军大都督，甘宁麾下军师庞统拜为右军师将军、参军、长史，又拜麾下众将宋谦为偏将军，苏飞、邓龙、陈就等将为裨将军，还有江东孙氏的两个族人孙贲和孙皎，这两人本来作为孙氏族人，不愿出仕，但是刘琦却亲自请他们出山辅佐甘宁，并拜孙贲为昭义将军、孙皎为昭信将军，这两人见刘琦真诚，只好答应出仕。
与陆逊统帅的海军相似，甘宁的水军也是直接向刘琦负责，一切粮草军器直接由镇南将军府直接负责，它的作用主要是用于在内河作战为主，如今由于荆扬两州统一，江水两岸除了广陵之外全都归属刘琦的治下，所以它的作用主要是与陆上的秭归长、荡寇将军文聘互为犄角，防备和攻略刘璋的益州。
如今荆州的赵韪已经奉命南下进攻牂牁，赵韪原本驻守的朐忍由信任巴郡太守严颜负责镇守，双方之间局势紧张，一触即发，不过双方守将还算理智，没有直接爆发冲突。
这主要是因为严颜得到刘璋的命令是，只准防守，不准进攻，而文聘则是因为巴郡易守难攻，严颜又是川中名将，不好对付，最关键的是，主公刘琦也没有明确要与益州宣战，所以双方就保持了这么一个态势。
而如今甘宁的加入，必定会给巴郡带来新的威胁，令双方的相对平衡的局势被打破。
扬烈将军于禁则依然统率牛渚的万余大军，以丹阳太守的身份改屯丹阳的丹徒，暂时在那里屯田，随时待命进攻徐州。
除此之外，刘琦大军还有镇守整个交州的安南将军裴潜所部三万余人，者三万余人不仅维护了整个交州的安定和平，还对刘璋的益州南部造成了威胁，所以刘璋才会同意赵韪的提议，率军征讨裴潜大军所镇守的牂牁郡内且兰、毋敛二县。
而周瑜则统率黄盖、阚泽、吕蒙等将，尽起宛陵旧部三万人屯驻安众，麾下还包括王威、吕范的万余大军，这让荆州军在南阳的兵力由一万猛然提升到了近四万，对刘备和曹操都产生了极大的威胁。
而尤其感受到了巨大压力的是曹操，因为当初刘琦曾经许诺过，会派人袭击许昌，以配合袁绍作战，本来他见刘琦正忙于征战江东，所以对刘琦当初的那句许诺并不以为意，可是没想到刘琦竟然用如此短的时间就平定了江东的孙权，现在又是双方大战最紧张的时刻，他根本无力防备刘琦的那近四万大军。
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