黄蜚指挥下的加列船就有二十四艘，另有快蟹十八艘、至于舢板这类小船，足有二百余，琼藩和郑藩把大量擅长水战的士兵加入其中，实力不容小觑，清军兵力无法与内河舰队媲美，广东水师张国勋部只有五千人，南头水师营不到两千人，这些人还要负责虎门防御体系，兵力肯定不如黄蜚，技战术也不可能是这些老兵的对手，清军水师依仗的除了顺流优势，便是来自高层的厚赏。
满洲人素来不吝赏赐，特别是在战时，若得首功，便可赏五百两，直接成为参将，黑眼珠最见不得银子，一面是满洲太君压阵的大刀，一面是高官厚赏，清军水师爆发出了充足的战力，也得到定藩名下广西绿营的支持，张国勋亲自带队，亲率各部出击，他选择了东航道，而不是锚泊有炮击舰队的西航道，在这一点上，张国勋与许龙有了冲突，许龙力主攻击炮击舰队的，但绿营出身的二把刀张国勋面对满是炮窗的战列舰害怕了，直扑主航道的内河舰队。
张国勋不知道，水战中，战列舰这类巨型船只比舢板好大的多，这个道理许龙明白，但他地位不如张国勋这位平藩的近身奴才。
水战从狮子洋打到了伶仃洋，数百艘大小战船来来回回乱战，在平缓的珠江入海口，如此多的战舰几乎谈不上什么指挥，乱战中，火枪比火炮更管用，乘坐舢板小船的明军手持火绳枪，突然逼近，打一轮齐射，便是脱离，在战场上耍的不亦乐乎，加列船这类大型桨帆舰有些转圜不开，只得是哪里船多冲哪里，用坚固的船身当炮台，在敌群中迸发出了充足的战力，但是面对火攻船也只能饮恨。
内河舰队的士兵多是明军，琼藩和郑藩居多，也有不少原舟山藩镇的人加入其中，这些人踊跃参战，全因海军开出的厚赏，斩首一级便是赏赐三十两，擒获一艘战船便是百两，明军清苦人尽皆知，此番厚赏，也是嗷嗷直叫，有些没船的清军甚至借着陆战队上岸休整的机会，把陆战队内河舰队的舢板、快蟹开走了，鏖战之时，一些军将跑去炮击舰队，把战列舰和桨帆炮舰上的大艇、小艇和交通艇一股脑的强借了去，加入了战团，盟军水师联军中，会划船的几乎都参战了，海军一时都有些不知所措。
内河水战打了一天，最后百十艘战船追着清军水师十几艘小船在水面上狂奔，这一幕被大虎山炮台上的清军看到，随意开了几炮，对得起北京福临给的军饷，也就乘船跑了，清军一下丢了航道中最后一个据点。
水战之中，许龙被生擒，张国勋被杀，许龙被黄蜚亲手斩下脑袋，传首全军，与首级一起派下去的还有海量的赏金，乌穆命令青龙号战列舰的舰长在主桅杆顶桅上绑了一把笤帚，告诉所有人，我们已经把珠江口清扫干净了。
主帅阵亡，虎门要塞人心惶惶，前线的博洛给虎门派遣了三百满洲兵来，希望可以稳定军心，威远炮台抵抗意志很薄弱，派遣使者前来请降，乌穆能给出的也就是银钱、田宅等条件，而那位参将想继续当官，无奈之下，把使者送到了黄蜚面前，黄蜚给守军主帅开出了参将衔，另有三千两赏赐，琼州五百亩上好水稻田，当晚，那绿营参将率军与新来的满洲八旗太君大打了一场，用三十多个满洲人头多换了两千两的白银，黄蜚率人攻占了威远炮台，并且在两日后围困了虎门要塞。
虎门要塞还算坚固，满洲兵和平藩的藩下兵防守，进攻要塞的是郑彩部，乌穆支援了他一个营的陆战队，并且把臼炮艇交给了他，乌穆的目标可不是虎门，虎门的东面和北面是大岭山，这里早已不是清军广州通往深圳大营的粮道，想要断清军脊梁，还是要攻占东莞，只要攻占东莞，凭此雄城和辽阔的东江，深圳与广州的联系就彻底断了。
乌穆把军队分为两部分，其中一部分是陆军第二师的一个旅和一个骑兵团，汇同舟桥、炮兵和工兵，与黄蜚部一起登陆，由多亚指挥，从陆地前往东莞城，而他与黄蜚亲率水师继续从珠江航道北上，乌穆的意图很简单，先切断广州与东莞、深圳的联系。
深圳大营需要的各类物资从广州出发，无论如何都要渡过东江才能前往深圳，而东江入口因为在珠江三角洲，港汊纵横，在珠江主航道，自然需要渡船，而在一些辅航道和港汊则用桥梁居多，乌穆把内河舰队编列，从中挑选排水量较小的快蟹、长龙和舢板，进入小航道，遇到浮桥、渡口烧掉，桥梁拆的只剩桥墩，而黄蜚则率领加列船这类大型划桨船进入珠江东航道，隔绝东西交通。
而乌穆则亲率陆战队乘船进入东江南支流航道，在杨公洲一带登陆，率领陆战旅直扑东莞城下，各部兵马于三月十二日汇聚在了东莞城下，其中合众国海陆军一万两千人，琼藩七千余，郑藩四千余，合计兵马两万五，另有重炮十八门，当日便开始进攻东莞。
东莞守将是平藩右翼都统许尔显，在博洛南下两广之后，因为所带兵马不多，两广会战多仰仗两广三汉藩，博洛发现，时移世易，如今的三汉藩已经不是当年南下时候，听到多尔衮要查逃奴，藩主就害怕到自杀的三汉藩了，满清部队在北洋战场多败于合众国军，连多尔衮都是战死，而李定国在西南两蹶名王，满清对三汉藩越发倚重，而三汉藩也越发不惧，在两广会战中，就表现出汉藩出工不出力。
这个当口，博洛可不会惹出内乱来，为了更好的指挥汉藩，博洛耍了滑头，博洛发现，在孔有德和耿仲明死后，同气连枝的三汉藩中，威望最盛的就是尚可喜，有他在，无论是代领定藩的线国安，还是继承藩主爵位的耿继茂都唯其马首是瞻，因为博洛第一件事就是调离尚可喜。
博洛告知尚可喜，两广会战，战端三开，粤西、广西和深圳皆是开打，广州乃核心之地，不可无人坐镇，因此要求尚可喜统帅深圳大营兵马，他回广州坐镇，尚可喜哪里肯同意，深圳会战关乎全局，他承担不起失败的责任，尚可喜不知，这是博洛以退为进的计谋，既然尚可喜不愿坐镇深圳大营，那博洛就让他带了部分藩下兵去了广州，把三汉藩精锐留下来，最后形成了耿继茂辅佐博洛，线国安在新安防海，尚可喜广州坐镇的局面，尚可喜负责支援前线粮草，因此东莞也就由其负责。
许尔显受尚可喜之命防守东莞，他麾下只有右翼绿营八千兵马，后虎门开战，博洛调遣了惠州总兵李士琏等绿营协防，也不过一万五千人，局势岌岌可危。
李明勋率领盟军猛攻清军大营，牢牢牵制住大营里的清军，而黄蜚在东江水道纵横来往，挡住了广州来的援军，东莞虽为腹地之城，却已经是孤城了。
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