而明军这边，却是刚刚得知湖广失陷、后院失火的噩耗，一时间人心浮动，士气低迷。几位最得力的主将，又正在御营里跟皇帝讨论下一步的战略计划，无形中放松了对各自部队的掌控力度。尤其是明军的斥候部队，在这两天也很是惫懒，连清军即将发动总攻的动静都没打探出来。
结果，部署在前沿的几支明军杂牌部队，基本没来得及进行什么抵抗，便被如狼似虎的清军铁骑冲得七零八落，顿时崩溃，残兵败将们完全失去约束，争先恐后地向着南京城或明孝陵的御营逃亡。
在这个时候，南京战场上的清军只有三万，而明军多达九万，粗看起来似乎是明军占着绝对的上风。
但需要注意的是，在这九万明军之中，真正的战兵只有大约两万人，其余都是凑数的杂牌部队。里面甚至还有不少临时前来“随驾”的地主乡勇团练，非但没有增加多少战斗力，反而搞得明军指挥系统一片混乱。而即使是明军最精锐的部队，也主要是临时募集训练了几个月的湖广新兵，其战斗力远不如同等数量的清军。此外，明军各位将领的战术指挥能力，普遍都要比久经沙场的清军将领略逊一筹。
之前清军援兵尚未到齐的时候，皇太极只凭着手头的几千人，即使是在极度不利的巷战之中，就能凭着八旗勇士们丰富的作战经验，跟十倍于己的明军僵持不下，尽管是且战且退，却始终没有崩盘。现在，因为皇太极身先士卒的激励作用，三万清军更是化作了一支真正的虎狼之师，爆发出的战斗力极为惊人。
尽管是以少攻多，仰攻山头，这些八旗勇士却好象全然不知道死字是怎么写的，一个个不但毫无畏惧，反而欢呼雀跃，大声呐喊着，手持长短兵器，迎着山势，冲向明军那些还没穿几天战袍的战场菜鸟们，展开了血淋淋的肉搏战。横的尚且怕不要命的，何况明军的这些杂牌军，还远远算不上横的，不过一群手持兵器的普通乡民罢了，见到清军如此凶猛，早没了一战的勇气，顿时被打得大败溃退，自相践踏而死无数。
得知前线溃败的报告之后，正在孝陵开会的明军诸将，连忙赶回各自的营地，准备点兵迎战。身为主帅的卢象升，更是第一时间召集了中军标营的家丁，急匆匆赶往钟山北麓前去支援。不料在通往战场的山路上，卢象升却被看到的壮观场面给气得一个倒仰——只见前沿那些被打崩了的明军溃兵，虽然没胆子跟敌人决一死战，但在逃亡的时候却是仿佛犀牛一般，个个横冲直撞，人人勇猛无比！
由于是狭路相逢，事先毫无准备，结果几乎是在眨眼之间，卢象升还没来得及看清楚敌人的阵势，他仓促组织起来的援军，就被这些成事不足败事有余的溃兵给冲垮了。连带着后面陆续赶到的几支明军，也被这帮牛人冲得一路溃败，由于山路狭窄的缘故，这些人彼此自相践踏，死伤惨重。好几位懵懵懂懂的明军将领，没有死在清兵的刀下，反而被自己人的脚丫子，给活活踩死在了朱元璋的陵墓旁边！
到了这个时候，明军的指挥系统已经完全崩溃。随着清军的喊杀声越来越近，而各路援兵却迟迟不到，连最信赖的卢象升都不知道去了哪里，崇祯皇帝在孝陵也待不下去，只得下令起驾往雨花台转移。
不料御驾这一转移，就再也停不下来——八旗兵很快就认准了崇祯皇帝的御驾，一路穷追不舍。崇祯皇帝在混乱之中跌落路边，额头血流不止，当场昏迷过去。护驾的卫士和太监见状，顿时没了主心骨，连南京城都不敢进，居然一路继续往西逃到了大胜关，然后又找了船只，往上游的芜湖、池州方向撤退而去。
至此，随着崇祯皇帝的御驾从战场上消失，南京前线的九万明军彻底土崩瓦解。其中，那些原本就从南京东林党朝廷这边易帜过来的降军，纷纷再一次选择了倒戈，投奔了对面的清军。而那些自发前来助战，期盼着赚取一份从龙之功的江南地主乡勇团练，则失望地相继星散而去，各自回到家乡，继续观望局势。
最倒霉的还要数那些“弃暗投明”的南京勋贵，本以为在关键时刻做出了正确选择，可以在正统天子的旗下延续他们的荣华富贵。谁知却遇到了这般峰回路转，顿时全都坐了蜡。其中，魏国公徐弘基选择放弃了他在南京的宅邸和产业，带着族人和家丁追随崇祯帝的御驾而去。但其他的南京勋贵却没有这样壮士断腕的决心，多半舍不得几百年积攒下来的财富，故而胆战心惊地继续留在了城内，静候胜利者的发落。
最后，在一片兵败如山倒的混乱之中，身为全军主帅的卢象升总算是没被人给踩死，但也已经是什么部队都抓不住，只能被成千上万的溃兵裹挟着，乱哄哄地往回撤退。而在溃兵的背后，还有清军游骑兵在不断骚扰和追击，以至于从钟山到雨花台再到大胜关，处处都可以看见倒毙的尸体和遗弃的兵甲。
十一月二十七日，卢象升终于设法收容起五千败兵，与前来追击的六千清军再战于芜湖。苦战一日之后，终于再次惨败。卢象升于率领家丁冲击敌阵之时，中箭身亡，残余明军旋即崩裂溃逃。
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