四级军舰，这级军舰有两层炮甲板，火炮50-56门，定员350人左右，排水量1000吨以上。它们主要担任海外巡航分舰队的旗舰，目前有50艘，计划配置为128艘。
五级战舰，改进后的福船为主，配置火炮30-40门，定员100人左右，排水量500吨以上。改进后的福船为两桅，三层，两侧装有铁甲护板。士兵掩护在其后向敌船射箭发弹，掷火球、火砖、火桶。并顺水顺风撞击敌人小船。由于原大明长江水师拥有大量福船弃置，海军方面又购买山东登莱水师的福船，目前此类最多，达到了350艘，后期这类船只将配置给内河水师。
各类辅助船只：中等海沧船和小型苍山船为主，楼船、蒙冲、斗舰、海鹘、走舸等相适应配置。
福建郑芝龙的船只很多，他的主力为三桅炮船：仿制荷兰巨型战船，身高大，首昂尾翘，航行迅速，不惧风浪。树3桅，主桅高4丈，船长20丈，舱5层，船面设楼高如城，可容300人，配红夷炮8门，千斤佛郎机40门。
最高级的战船双层甲板均装备带有环栓能够拖动的火炮，其一艘战船上就配备了24门红夷大炮，而当时明军的战船上至多也只有6~8门，郑芝龙战船上的大型火炮数量是明军的3倍以上，这使得明军水师在面对郑芝龙的舰队时很难有抵抗的能力。
郑芝龙除了上述两类巨舰外，还有两种专门用于快速化作战的战船——乌尾船和鸟船，这两类船的数量最多，承担了战斗中的骚扰和近战。福建郑家的各类船只目前总量绝对雄霸东海、南海水域，总计一千五百艘。
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