后来，在“逐鹿”这个地方，爆发了黄帝和炎帝之间的决战。
人族之间的内讧，绝不亚于当初对妖族和魔族的杀戮。成千上万的人因此死去，黄帝的统治地位也因为决战获胜被确立下来。战争结局之所以会这样，是因为舜在关键时候投靠了黄帝。很简单，舜的实力无法与炎、黄二帝相提并论。炎帝一直只是把舜当做随手能够捏死的蚂蚱，黄帝却对舜做出承诺：五千年后，自己会颁布退位诏书，将帝位禅让给舜。
黄帝没有违背承诺，可是，其中却冒出了一个年轻人，禹。
他是化蛇与渔夫的第一百零一个孩子，也是拥有神力血脉最后一个人族、妖族合并的后裔。
生下第九千九百九十九个孩子之后，化蛇感觉自己已经没有多少神威，一切，都和普通的人类女子没什么区别。
禹的年龄与黄帝和舜相比，无疑显得很年轻。
化蛇不是傻瓜。尽管她深爱自己的人类丈夫，却也看清了人类智者想要让整个族群独占天下的野心。失去神力的化蛇已经无力阻止这一切，然而，长时间与人类居住，也让她从中学会了思考，学会像人类一样最大限度开发并且使用大脑。化蛇并不愚蠢，她利用一种神秘的法术，把自己最后的神力全部灌注到儿子禹的体内，又利用自己曾经身为海洋妖王的身份，召唤水中妖族再次掀起海啸，吞没大地。
做完了这件事，化蛇彻底失去了生机，永远死去。
接下来的事情就顺理成章。面的铺天盖地的洪水，皇帝和舜束手无策。禹却在这个时候站了出来，利用母亲化蛇留给自己的神力，劈开山石，在地面挖出深深的沟渠，引导洪水流向大海……
禹在民间获得了巨大声望，民众尊奉他为“大禹”，要求禹即位为帝的呼声越来越高，而引导着一切的人，就是最初制订三族改造计划人类智者的直系后裔————尧。
后来发生的事情，是一场混战。
尧、舜、禹，还有黄帝，都不肯主动让出帝位。人族世界进入了长达千万年的纷争与杀戮。与黄金、白银、青铜三个时代不同，这一时期根本就是人族内斗，自己人杀自己人。在《玲珑密录》上，这一时期被称之为“上古时代”。
人族的强大在于数量，妖族和魔族虽然没落，却也看清楚了人类独霸天下的事实。三位妖王和魔族首领死后，妖、魔两族并未没落，而是达成同盟，共同对付人类。所谓上古时代的战争，就是在妖族和魔族对人类不断展开攻击的过程中产生。只不过，人类的种群数量极其庞大，基础已经牢牢打下，无论妖族和魔族攻击力度再大，杀死的人类再多，也无法撼动人类占据世界大部分面积的事实。
一次宴会之后，黄帝莫名其妙的死去。有人说是死于中风，有人说是死于食物中毒，还有人说是宴会现场发生了混乱，黄帝被乱兵所杀……一切都是传言，渐渐也就消弭于无形。
尧、舜、禹三位巨头谁也不肯想让。战争持续长达二十二万年之久。也许是大家都打累了，也无力继续争斗，总之，后来的帝王顺位变成了尧第一，舜第二，禹第三。当年，究竟发生了什么事情，只有三位当事人自己最清楚。
渔夫村长在死去的化蛇尸体面前守了整整一个月。他把死讯托人带给禹这个儿子，禹却从未回家看过一眼。真实总是被美丽的谎言所遮盖，身为帝王，很容易弄出个什么为了民众苦劳而治水，三过家门而不入之类的荒诞故事。
渔夫真正爱着化蛇，就像化蛇明知道自己被人类算计，却仍然爱着渔夫一样。
渔夫把化蛇葬在了海边一块巨大岩石旁边。在妻子的墓前，渔夫用刀子割断自己的喉咙，鲜血浸透了泥土，两个人至死也合二为一。
在遗书里，渔夫请求儿子，也就是帝王禹，在自己和化蛇的坟墓上面，修造一座塔。化蛇来自大海，也应该归于大海。渔夫却舍不得妻子的尸身被鱼虾啃食，宁愿把她葬在海边。上面有座塔，还有自己为伴，妻子应该不会感到寒冷。
这也许就是白娘子和许仙爱情故事的最初蓝本。渔夫变成了上京赶考的书生，妖族化蛇变成了娇滴滴的美丽女子。千万年的恩恩怨怨终究化为一抔黄土，除了《玲珑密录》上的记载，不会有人知道看着同胞妖族死难而独自困坐落泪的母亲究竟有多么痛苦，也没人知道享受过男女欢愉之后震惊发现自己再也无法回归原样魔族的愤怒。
其实，人类没有做错。
我们只是为了在这个世界上生存，为了像个人那样而活下去。
世界就这么大，魔族和妖族虽然是我们的朋友，但谁也不敢肯定，曾经的朋友在最后一口食物面前，不会挥舞刀子砍向自己的喉咙。
它们不死，死的就是我们。
这就是残酷冰冷的现实，却没有第二种选择。
唯一美好的东西，就是那些流传下来，早已面目全非的爱情故事。
于是，我们相信九天之上的美丽仙女会爱上董永这个孤儿。
我们相信身为仙界公主的织女会爱上牛郎这个穷鬼。
我们相信田螺姑娘心甘情愿不要报酬，帮助浑身臭汗，还喜欢抠脚丫子的农夫煮饭洗衣，顺便晚上帮他暖被窝。
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