但命令发下了，明治天皇这才想起来，山本权兵卫己经辞职了，内阁也被解散了，新的首相、内阁还没有成立，正好赶到这个时间点上，那这命令下给谁去。
这一下明治天皇也犯了难，现在暴乱的消息却还在不断的传来，现在暴乱队伍的规模也越来越大，除了攻击官员、财阀之外，还有相当一部份攻击商铺、银行等机构，如果就这样放任下去，还不知会造成什么后果，而且现在明治天皇身边也没个人商量一下，明治天皇心里这个郁闷。
一直到凌晨5点多钟的时候，根据报告，这时暴乱队伍的规模己扩大到了数万人，恶行己遍及大半个东京地区，有不少地方都发生了火灾，甚致有的暴乱队伍在攻击外国使馆。明治天皇也知道不能再犹豫下去了，否则后果就难以收拾了，只得亲自下令给东京守备司令部，命令他们出动军队，镇压东京的暴乱行为，同时又下令给陆军参谋部和海军军令部，命令他们立刻调集各自的军队，准备支援东京守备司令部的军队。
但东京守备司令部从来没有收到过天皇的御令，因此接到命令之后还不敢相信，又派人到皇宫去确认，等到确认了这御令是真的，才招集军队，布置各部队的防区等事宜，结果等到军队出动以后，己快到清晨7点。
不过天亮也有天亮的好处，就是什么都看得清楚，也方便军队进行镇压。虽然这时暴乱的人数己达10余万，但毕竟和军队没法比，而到了第2天，陆军、海军的队伍也都开进东京，使参与镇压暴乱的日本军队己达7万余人。但就是如此，还是足足用了3天时间，才算是将这次暴乱行动平息下去，东京才基本恢复了平静。
而经过查点之后，在这次暴乱中，共计有6673人死亡，10964人受伤，812间房间被烧毁，1000余家商铺，20余家银行被抢劫，初步估算经济损失高达数百万日元。当然经济损失还算是其次的，最严重的损失还是人，共计有伊藤博文、小村寿太郎、大畏重信、井上馨等4位重臣死于暴乱，另外还有山县有朋因受伤太重，在3天后不治身亡，同时遇难的还有3名财阀，而寺内政毅、桂太郎、山本权兵卫、高桥是清等官员也都在暴乱中受伤，因此可以说这次日本的损失极为巨大。好在是在暴乱发生前，日本在各使馆布置了大量的警力，总算是没有让暴徒攻破各使馆，也算是不幸中的万幸。
暴乱虽然被平息下去，但后续的清算工作足足持序了近1个月，仅抓捕的人员就达4万5千余人，几乎是只要参与了暴行的人都被抓捕。主犯被确认17人，主从犯确认41人、次从犯多达500余人。
明治天皇对这次暴乱相当的行为是相当的恼火，因此对他们的处罚极为严厉，主犯、主从犯均被处以死刑，次从犯被判罚无期，发配到北海道服役终身，其余参与人员最少的也被判罚10年的刑期。
而在新首相的确立方面，寺内政毅身受重伤，一时半会好不了，而且这次暴乱中有共计417名陆军士兵参与，也让陆军系十分尴尬，显然再由陆军系出任首相，也是难以服众的。最后众人协商决定，由西园寺公望出任首相，重新组阁。
西园寺公望是明治维新的元老之一，也是政友会的组建者之一，无论是个人威信，还是资历，都是目前日本出任首相的最佳人选，也是各方势力都能认同的人选。
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