就在倒幕一方和幕府军在关原进行激战的时候，在另一个战场上，同样也进行着激烈的战斗。
在关原合战开战之前，由德川赖宣和德川纲重率领着六万多人马赶去救援甲府。因为甲府是幕府军的退路和补给线，而且还是徳川纲重的藩治所在，因此在德川赖宣和德川纲重的指挥下，幕府军向甲府发动猛烈的进攻。
守卫甲府的中华军是十四师，虽然进攻甲府的幕府军兵力是中华军的近六倍，但中华军的防守，又岂是那么容易被攻破的，更何况甲府城虽然不是一座大城，但也有城墙，有护城河，有守天阁，再加上中华军强大的火力，超远的射程，根本不是幕府军所能攻破得了的。
结果幕府军向甲府连续发动了三天的进攻，但在中华军的猛烈打击下，幕府军被打得死伤惨重，在甲府城下尸积如山，血流成渠，损失的兵力超过了一万，而甲府城却仍然是安然无恙，纹丝不动。幕府军连城头都没有办法攻上去。反而在第三天里，被中华军突然杀出甲府城，打了幕府军一个突袭，幕府军被打了一个措手不及，被中华军打得大败，退兵十余里，而且还阵亡了一位大名，和十余名家臣。
而经过了这一败之后，德川赖宣和德川纲重才知道中华军不好惹，甲府也不好打，因此两人也不敢再轻易向甲府再发动进攻了，只好暂时扎住人马，派人到关原去向酒井忠胜求救。
那知派出的人刚走了没两天，就立刻又转回来，向德川赖宣和德川纲重汇报，幕府军在关原被中华军打得大败，二十五万大军，几乎全军覆没，酒井忠胜、徳川直义、徳川光圀等人剖腹自杀等等消息。
两人听了之后，顿时就傻了，而且也不知道该怎么办，当然在两人心里也还抱着一丝幻像，传回来的是假消息，二十五万大军，就那么容易被打败吗？或者虽然是打败了，但也并没有败得这么惨。
但就在第二天，从关原战场逃出来的松平纲隆、稻叶正则、阿部定高等十几个大名，带领着几千败军，到达了两人的大营，并且告诉两人，这些消息都是真的，幕府军己经彻底输掉了第二次关原合战，现在中华军如日中天，就算攻下了甲府，也没有任何意义，不如放弃甲府，先撤回江户去再说。
最后的幻想终于彻底破灭了，德川赖宣和德川纲重这时也没有别的办法，只好听从了松平纲隆、稻叶正则、阿部定高等人的劝告，和他们合兵，绕过了甲府，走小道返回江户。但在幕府军撤退的时候，中华军又从甲府城出击，追着幕府军的尾巴，又追击了一阵，再一次击败了幕府军。
因为第二次关原合战的规模太大了，二十五万幕府军，阵亡的人数达到十五万多人，在战争结束以后，整个南宫山、桃配山都差不多堆满了幕府军的尸身；而俘虏的人数也差不多接近八万，实际比现在的倒幕军人数也差不了多少，另外还有大量的军械、物资等等需要清点，检收，因此战后的清理，善后，收尾等工作也不是一天二天就能够做得完，实际上一直到第七天，才差不多初步清完。
不过在这一段时间里，倒幕的一方又连连收到好消息，首先是救援甲府的幕府军撤退，返回江户，彻底放弃了收复甲府，而从关原到甲府之间地区内的各大名，要么向倒幕势力投降，要么就放弃了封地，逃到江户。最终有十六位大名向倒幕势力投降，而倒幕的势力，也一下子从关原一直扩大到了甲府地区，向东整整推进了近三百公里，离江户只有一百多公里的距离，关原合战取胜之后的巨大红利，也在一步一步的体现出来，而倒幕的胜利，己经遥遥在望了。
在关原战场打扫清楚之后，商毅也下令，让成进统领十一军，带领着倒幕军继续向东进军，和驻守甲府的十四师汇合，并且连同正在江户湾外游弋的第一分舰队，从海陆两路，攻取江户，彻底消灭徳川幕府，完成最后的倒幕胜利。而在此其间投降的各大名，一率带罪立功，加入倒幕军去进攻江户。商毅则带领着剩余的中华军，进入京都，等候着倒幕成功的消息。而随商毅一起返回京都的，还有丰臣余众和毛利广纲、锅岛胜茂、有马忠赖等倒幕的主导大名。
因为经过了关原合战之后，日本的战局己经大局已定了，攻占江户，只不过是时间问题，而且接下来的重点，是倒幕之后，对日本局势的重新洗牌，包括中日关系的确定，还有丰臣氏在日本的重新崛起定位等事务，因此商毅也没有必要亲自出马去进攻江户，交给成进去完成也就够了，自己则应该留在京都，考虑这些倒幕之后的事情。
另外处理这些问题，一定要找一个地方，汇集日本的所有大名势力，进行集中宣布，封派、赏罚等事，而江户是徳川幕府的治所之地，显然并不是一个理想的地方。而虽然在近几十年的时间中，日本的政治、经济中心正在由京阪神地区向江户转移，但毕竟时间不长，京都、大阪地区，仍然是曰本重要的地区，由其是京都是天皇的居住地，而大阪是丰臣氏的基础，因此将汇集曰本各大名势力的地点选定在京都，更为合适一些，毕竟天皇还是商毅手中的一块很好的招牌，这一次仍然还要利用。
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