十一月十七日，舰队抵达了小仓城，接受了细川忠兴的投效，至此九州岛的幕府势力基本被清除。同九州岛隔着一道海峡的长州藩上下固然是大喜，但是对于四国岛上的土佐藩来说却是一个噩耗。
更让土佐藩上下忧心的是，十一月十五日，在纪伊水道发生了一场水战，德岛藩和纪伊藩的水军不敌明人舰队，最终丧失了纪伊水道的控制权，濑户内海航道陷入了明人舰队的威胁之下。
四面环海的四国岛，失去了海上航道的控制权，等于要独立面对九州联军的进攻，这让土佐藩陷入了紧张备战和惶恐不安的气氛之中。
不过在水战中失利的德岛藩和纪伊藩，情绪却比土佐藩稳定多了。在水战一开始就抛弃了盟友，逃回根据地的淡路水军基本没有受到什么损失。
蜂须贺家政此前同东海巡阅府暗中达成的协定，使得德岛藩不仅没有受到明人舰队的进攻，反而使得德岛城成为了明人舰队的补给港。
至于纪伊藩，原本就没有什么实力的水军被歼灭，并不能损害到纪伊藩的实力，藩内领地上缺乏优良港口，也避免了明人舰队从海上的入侵。
藩主德川赖宣和家臣们，却从这场水战中意识到了德岛藩的不可靠和明人舰队的强大。赖宣和家臣们讨论再三之后，决定无视幕府要求他们出击大阪的意见，并不答应大阪方面的停战协议，先保住自家的安全再说。
十一月十七日，德川赖宣伪装成安藤直次的侍卫，在堺市和李晨芳、许心素进行了一次会谈。会谈中李晨芳、许心素向赖宣承诺，不管日后形势如何变化，明国都会确保其对于纪州半岛的统治权力，并将王子川-鹤田湖-狭山以南的区域交给纪伊藩。
赖宣则承诺，只要幕府军没有夺取大阪城，纪伊藩就会保持中立，绝不会出兵越过王子川-鹤田湖-狭山一线。除此之外，赖宣还掏出了5万两，赎回了被俘的纪伊藩将士，并购买了一批武器。
阿部正次带着返还的长州讨伐军刚刚夺下了兵库津，就遭到了停泊在港外的五艘战舰的炮击。被打的溃不成军的片冈支队趁机退往来了六甲山，而兵库津及港口却彻底被摧毁。
介于明人舰队控制了海上航道，阿部正次不得不止步于凑川以西。因为他担心自己率军进攻大阪时，这只舰队会截断他的后路，让他这只部队处于前后夹击之中。
阿部正次虽然停下了脚步，但也没有呆在原地发呆。他一边派人同舰队交涉，询问对方为何无故攻击本军，一边派出了小股部队对流窜于六甲山一带的片冈残军进行围剿。
此外，他还派出了信使前往京都，请求京都所司代板仓重宗带领召集来的京畿联军南下，和自己一起进攻大阪。
而在此时，叶雨轩正将联军指挥部从种子岛迁往长崎，并邀请九州诸藩及长州藩等西国大名在长崎会面，商讨联军上洛一事。也就在这个时候，由朝鲜三道水使林庆业带领的六、七十艘运输船，正浩浩荡荡的向着长门开去。
这座长州藩著名的渔港，现在已经成为了日本以西最大的捕鲸基地。大明的渔业公司在此地不仅控制着大批人手，还储备了大量的粮食，足以支持一只舰队的消耗。
林庆业将济州第一步兵团运来此处，也是想要借助此地的物资支持北上的作战计划。就在西南诸藩和联军紧张筹备着上洛作战时，京都所司代板仓重宗却陷入了麻烦之中。
阿部正次的出兵计划虽然很好，但是板仓重宗却感觉自己无能无力。因为京都正陷入了物资缺乏的难题，他甚至都不得不中止了向京畿各藩征召军队的命令。
按理说，坐拥京都盆地和临近大阪平原的京都，其实不应该缺乏物资。但是数十年的和平，使得京都人口已经超出了京都盆地能够承载的人口上限，基本上都需要从大阪输入各种生活物资。
但是现在大阪沦陷，而此前秋收的一部分粮食又被调拨给了阿部正次，这使得京都一下失去了物资输入的来源。板仓重宗虽然有意向彦根、尾张两藩求助，但是前者也就意思意思的送来了500石粮食，而后者则干脆一毛不拔。
在大阪出动军队做出进攻京都的举动后，又有不少人从京畿附近逃入了京都，更是加快了消耗京都物资的速度。在这样的状况下，板仓重宗能够安抚住京都不发生变乱就不错了，哪里还能领兵出征大阪呢。
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