在从大胜关返回京师的龙舟上，傅友德、冯胜等人趁机奏请皇帝用大明军事学院的第一期学员代替在北方诸卫所的中低层将领，因为这批学员本来大部分是由各卫所副千户、试百户中抽取的，此时作为天子门生，正好可以用于代替诸王多年提拔起来的诸卫所将领，朱允炆沉吟不语，想了想，还是暂时不予考虑。
回到京师之后拟旨，将第一期学员留半成于大明军事学院任教官，然后将剩余人员单独编制成一个满编卫，建制五千六百人。驻扎在龙潭沿线整顿，主要控制宝华山至镇江一带区域。然后再以上次集结之法，不过除了在各卫所副千户、试百户中抽取之外，这次可以延伸至总旗一级。以北方各卫所为主。
朝堂之上，都高不清楚皇帝到底想做什么，改年号为建文，又改定官制的新政措施，那就是提高文臣地位，体现出儒家的仁义礼乐化民的治国理念，这是大家都想看到的事情，但是好像皇帝从来也没有因此而抑制武臣，反而有文武并驾齐驱的苗头，这还不算，现在又新增卫所，有扩军之嫌，百官们马上就开始议论纷纷起来。有些人已经开始准备上奏劝谏了。
因为朱允炆毕竟比众人多了几百年的见识，又从论坛中见惯了后世人对古代帝王的评判，所以在在这方面做得特别的好，他一反朱元璋那种武夫式的专制、独裁和霸道，谦虚为人，宽和对待臣下，屡屡下诏，虚心纳谏，听取不同的意见，所以在短时间内，也养就了一批敢于上纲上线的大臣。
有一次建文帝偶感风寒，临朝的时候他迟到了。监察御史尹昌隆马上上疏进谏，批评起了皇帝，他说：“高皇帝鸡鸣而起，昧爽而朝，末日出而临百官，故能庶绩咸熙，天下乂安。陛下嗣守大业，宜追绳祖武，兢兢业业，忧勤万几。今乃即於晏安，日上数刻，犹末临朝。群臣宿卫，疲于伺候，旷职废业，上下懈弛。播之天下，传之四裔，非社稷福也。”
听到尹昌隆的这种刻薄又难听的谏言，朱允炆不但没有在大殿上对众大臣作任何的解释，更没有为难尹昌隆，相反，大大地表扬了他，说他说得好，并下诏说：“尹昌隆指出朕之过失，礼部将此事昭告天下，朕也可以此来警示自己。”
正因为如此，所以百官才敢就此事准备劝谏责难皇帝，要是放到太祖时期，那可是没有人敢去触这个霉头。
但是还没有等大臣们的奏折写好，有一件事情的发生，马上就转移了他们的注意力，燕王经过名医的诊治，已经逐渐恢复了神智，慢慢的康复了，不但能够行动自如，而且行事也愈加大胆起来。
在大家还不注意的时候，燕王出府，先是往孝陵祭扫皇陵，然后往晋王府拜见了自己的三哥朱棡，提出要宗人府重新议定周王、代王和齐王之罪，说皇帝议罪有违太祖定制，太祖在洪武二十八年曾经训导曰：朕罢丞相，设府、部、都察院分理庶政，事专归于朝廷。嗣君不许复立丞相。臣下敢以请者，置重典。皇亲惟谋逆不赦。余罪，宗亲会议取上裁。法司只许举奏，毋得擅逮。勒诸典章，永为遵守。
而周王、代王谋逆证据不足，尤其是周王之罪，出于黄口小儿，不足采信，代王之罪更是地方官员攀诬，而齐王之罪，则是暴虐成性，也未交与宗亲会议上裁。因此恳求三哥朱棡以宗人府令的身份奏请皇上，应将三王交与宗亲会议取上裁，否则就是有违祖制。
朱棡大窘，没有想到四弟一经恢复，边有如此的动作，方想劝阻一下，但见朱棣那倔强的嘴唇，也觉得最近朝内百官针对藩王之风太盛，要刹一下风气，于是答允向皇上禀明燕王恢复后的请求，别不做承诺。
而朱棣一反往常的低调，连着几日，走亲访友，就连魏国公府也去拜访了一遭，傅友德、冯胜、耿炳文等老将府上更是没有放过，一时间，经常上下皆知，燕王病好了，而且似乎有执无恐，准备营救三王。
而朱允炆接到梅殷奏报的时候，正在和齐泰、杨杰二人研究最近北方盛行的谣传，对于朝廷十分不利。
在北方诸省，特别是辽东、山西等地，偷偷流传着一个说法，那就是太祖高皇帝本来准备传位于燕王爷，但是当今建文帝趁高皇帝病危，篡改遗诏，才登基为帝的，正因为这样，才将晋王、燕王囚禁京师，将知情的周王、齐王、代王圈禁在府中。
说的有根有据，疑点有三条，其一，先帝于四月十五升遐，二十六日便入葬孝陵，先后相隔不过十日。历代帝王丧仪向来隆重，今上于先帝葬礼如此匆忙，岂不是有违人伦之道？
其二，遗诏之中，有命诸王毋至京师之语。但洪武十五年孝慈皇后大行，使长与诸位已就藩的亲王均有回京奔丧，当时怎么没有毋至京师的话？且父丧子归，本是天理人伦，即便是臣子，倘遇双亲亡故，尚需丁忧归乡，守孝三年，何况皇家？先帝素重孝道，又岂能出此夺情之语？
其三，遗诏提到‘王国所在文武吏士，俱听朝廷节制，唯护卫官军听王’，这便是要夺了诸王节制军队之权。藩王统领诸军，本就是先帝所创，岂会毫无风声地便行废止？且即便要废，先帝在世时一纸诏书便是，诸王身为皇子，又岂敢不从？为何会在遗诏中言废。
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